באר שבע בשנת 1952 הופסקה פעילותו הרשמית של המועדון, לאחר שהוחלט בהתאחדות כי המרחק הגאוגרפי אינו מאפשר את השתתפותו, אך בשנת 1954 נרשמה הקבוצה מחדש בהתאחדות לעונת 1954/1955 במחוז הנגב של ליגה ג', הליגה השלישית את העונה סיימה במקום השביעי והאחרון במחוז הנגב עם ניצחון אחד מ-12 משחקים, 22 שערי חובה, ו-5 שערי זכות בלבד.
את עונת 1955/1956, תחת הדרכתו של המאמן יוסף עזרן, סיימה הקבוצה במקום הראשון במחוז דרום של ליגה ג', הליגה הרביעית[. במשחקי המבחן על העלייה לליגה ב' התמודדה מול הפועל לוד, הפועל רמלה והפועל חולון, ובמשחק הקובע ברחובות ניצחה את הפועל יפו 5–0 והעפילה לליגה ב'. בעונת 1956/1957 סיימה הקבוצה במקום השביעי בליגה ב' מחוז דרום
בעונת 1957/1958 החליף לוניה דבורין את עזרן בעמדת האימון. באותה עונה עצרה ההתאחדות לכדורגל את כל הליגות מתחת לליגה הראשונה לקראת סופן, כשבאר שבע במקום השני שמוביל לשלב המבחנים לליגה א', בעקבות חשדות לקבלת שוחד והטיות משחקים, בגינן הוקפאו כל העולות והיורדות בליגות אלה לעונה זו. בסיום העונה הגיעה הקבוצה לגמר "גביע ההתאחדות לכדורגל", אך הפסידה 1–7 להפועל טבריה
